IEMs不仅病种数量繁多、发病机理复杂，而且其临床表现具有多样性和缺乏特异性，临床确诊绝大多数依赖于对患儿体液中特异性异常代谢物质的实验室生化分析结果。

过去，限于分析技术手段，临床医生往往处于推测诊断IEMs而难以作出具体病因诊断的尴尬地步。近年来，随着科技进步，这种局面已经改观。在发达国家，可以被准确、灵敏和特异分析的各类代谢物质已数以百种计。在我国，目前只有少数中心城市建立了此类实验室，开展了初步工作，提高和普及工作任重道远。

    第一线都为常规项目，在大多数医疗机构随时可以检测。其结果结合临床信息，常常能指示IEMs类别范围，确定进一步的实验室检查项目。
  

第二线多为专门项目，即检测IEMs患者体液中累积的致病物质的针对性生化项目。近年来，检测的方法日益进步，特别是色谱（LG、GC）、质谱（MS）分析技术和计算机技术的结合，极大地扩展了可分析物质的范围，提高了分析的效率。

    基于MS分析原理、完全由电脑控制、操作简便的GC/MS、LC/MS或MS/MS分析仪,某些物质的检测限可达10-15mol水平，检测灵敏度相当高；其检测结果通常用总离子(tota lion curent,TIC) 流图表示,由于不同IEMs患儿体液内的异常代谢物不同,TIC图也就不同,特异性相当强。利用标本一次可同时快速测出氨基酸、有机酸、单糖、二糖、糖醇、卟啉、嘧啶、核酸类等多种成分,节省了大量检查费用和时间。远离检测中心的医院,可以将患者的干燥尿滤纸片寄往检测中心,在短时间内获得诊断。

目前，应用GC/MS或MS/MS技术诊断的IEMs多达100余种，还可以对有机酸尿（血）症等30余种IEMs进行高危儿的筛查。

     通常第二线检查结果可以给出IEMs的最终诊断，但对一些特定IEMs如溶酶体累积病等，有时只能进一步支持的怀疑。这些特定疾病的完整特性通常需要第三线检查既更特异的研究，例如酶学分析，DNA分析和家系分析；这些研究需要由跨区域的专业实验室在培养的皮肤纤维母细胞或转化的淋巴母细胞系中进行。