代医学对三叉神经痛病因尚不明确，但目前提出几种学说可能与三叉神经痛有关。
　　1、短路学说：认为神经髓鞘崩解可能引起相邻两纤维之间发生“短路”，轻微的触觉刺激即可通过“短路”传入中枢，而中枢传出冲动也可再通过“短路”成为传出冲动，达到痛觉神经元的阈值而引起疼痛。
　　2、脱髓鞘学说：三叉神经感觉根或半月节或三叉神经周围支受到压迫或损害发生脱髓鞘性变；部分神经髓鞘脱离使原来神经束的抑制作用减弱或消失，增加了三叉神经背核反向的自我激发及重复发放，使受损的神经变得敏感，产生疼痛。
　　3、病毒感染学说：如带状疱疹易累及三叉神经第一支引起疼痛。
　　4、其它：遗传学说、颈神经学说、变态反应学说等等。祖国医学认为，三叉神经痛与中医的偏头风、面痛等颇相类似，无论何种病因所致，其病位均在头面，“头为诸阳之会”、“清阳之府”，面为阳明所主，五脏六腑气血精华皆上注于头面。由于头面部位唯风可到，故多数学者认为风寒入客；或外感风热；或肝郁化火，内风上扰；或阳明热盛上攻，清窍被扰，或痰凝、或血瘀，或阴虚阳亢等都是三叉神经痛的主要病机。